Sesuai dengan Statuta Universitas Muhammadiyah Pontianak (Unmuh Pontianak), ada beberapa hal yang melatarbelakangi pendiriannya.  Yang pertama adalah bahwa rendahnya kualitas sumberdaya manusia akan menghambat keberhasilan  pembangunan nasional dan kebodohan dapat merendahkan  harkat dan martabat manusia. Yang kedua adalah bahwa di Kalimantan Barat  kesempatan untuk memperoleh pendidikan, khususnya pendidikan tinggi masih belum memadai karena terbatasnya kemampuan perguruan tinggi yang telah ada baik dari segi daya tampung maupun bidang ilmu yang diselenggarakan.  Dengan demikian Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Kalimantan Barat dalam Musyawarah Wilayah VIII Muhammadiyah Kalimantan Barat tahun 1986 menetapkan untuk mendirikan Universitas Muhammadiyah Pontianak.

Universitas Muhammadiyah Pontianak merupakan salah satu perguruan tinggi dari Perguruan Tinggi Muhammadiyah (PTM) di Indonesia.  Sesuai dengan qaidahnya, PTM merupakan  satuan pendidikan  yang menyelenggarakan pendidikan tinggi di   lingkungan  Persyarikatan  Muhammadiyah yang bertugas menyelenggarakan pembinaan ketaqwaan dan keimanan kepada Allah S.W.T., pendidikan dan pengajaran, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat menurut tuntunan Islam. Dengan demikian penumbuhan budaya islami dan penguasaan ilmu pengetahuan dan teknologi serta seni (ipteks) yang dilandasi nilai-nilai keislaman dan kemuhammadiyahan merupakan tekad dari Unmuh Pontianak sepanjang masa.  

Unmuh Pontianak didirikan oleh Persyarikatan Muhammadiyah yang diprakarsai oleh Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Kalimantan Barat, sebagai salah satu lembaga perjuangan dan dakwah bertujuan untuk mencerdaskan kehidupan bangsa beserta untuk membentuk manusia seutuhnya yang diridhai Allah S.W.T. menurut tuntunan agama Islam dan berdasarkan falsafah Pancasila dan Undang-Undang Dasar 1945.  Semula secara resmi  Unmuh Pontianak yang diberi izin pendirian sesuai dengan Surat Keputusan (SK) dari Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Nomor: 0518/O/1990 dengan memberikan status terdaftar kepada 3 (tiga) fakultas yaitu; Fakultas Ekonomi Jurusan Manajemen, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Jurusan Budidaya Perairan, dan Fakultas Teknik Jurusan Teknik Mesin.  Pada tahun 1991, Unmuh Pontianak mendirikan lagi Fakultas Tarbiyah Jurusan Pendidikan Agama Islam sesuai dengan SK Menteri Agama Nomor: 125 Tahun 1991 tanggal 12 Juli 1991.  Kemudian pada tahun 1996.  Sesuai dengan SK Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 499 Tahun 1996, Fakultas (FAI) Tarbiyah berubah nama menjadi Fakultas Agama Islam.  Pada tahun 2002, FAI mengembangkan Program Diploma II Pendidikan Guru Taman Kanak-Kanak Islam (PGTKI) sesuai dengan SK Koordinator Kopertis Wilayah XI Kalimantan  Nomor: C/II/07/2002, dan sekarang sudah ditutup.  Kemudian Unmuh Pontianak mendirikan Fakultas Kesehatan dengan Program Studi Ilmu Kesehatan Masyarakat pada tahun 2003 sesuai dengan surat Depdiknas Dirjen Dikti Nomor 1621/D/T/2003 tanggal 31 Juli 2003.  Pada tahun 2007, Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) didirikan pula untuk memenuhi kebutuhan tenaga guru yang masih sangat terbatas saat itu dan beberapa tahun mendatang di Kalimantan Barat. Program studi yang diberi izin operasional ber SK Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi (DIKTI) No. 2929/D/T/ 2007 yaitu Program Studi Pendidikan Anak Usia Dini (PAUD), Pendidikan Kimia, Pendidikan Biologi yang ketiganya untuk jenjang strata satu (S1).

Untuk merealisasikan Tri Dharma Perguruan Tinggi, khususnya dharma penelitian dan pengabdian kepada masyarakat, Unmuh Pontianak membentuk Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat (LPPM) sejak berdiri tersebut. Secara fungsional lembaga ini bertugas mengkoordinir, melaksanakan, mengawasi, dan mengevaluasi penelitian dan pengabdian pada masyarakat di lingkup sivitas akademika Unmuh Pontianak sebagai suatu manajemen penelitian. Kemudian apabila dijabarkan lebih luas, tugas LPPM tersebut meliputi membangun dan mengembangkan llmu pengetahuan dan teknologi serta seni (ipteks) di kalangan sivitasak ademika, meningkatkan profesionalisme sumberdaya peneliti, mengelola dan menyelenggarakan kegiatan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat, melakukan monitoring dan evaluasi terhadap kegiatan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat, mengembangkan kerjasama penelitian dan pengabdian masyarakat antar perguruan tinggi maupun dengan lembaga pemerintah dan stakeholders lainya, dan menyebarluaskan (diseminasi) hasil-hasil penelitian dan pengabdian masyarakat.

Untuk mendukung pelaksanaan tugasnya, sejak tahun 2001 LPPMUnmuh Pontianak membentuk 4 unit kerja yaitu:

Pusat Studi  Lingkungan Pesisir dan Sumberdaya Bahari (PSL Pesisir dan Sumberdaya Bahari)

         Pusat studi ini bertugas melakukan penelitian dan pengembangan yang berkaitan dengan lingkungan pesisir dan sumberdaya bahari.Penelitian dan pengembangan yang dilakukan berupa identifikasi potensi dan permasalahan, pengelolaan dan pemanfaatan lingkungan pesisir dan bahari dari berbagai aspek teknis, sosial dan ekonomis. Hal ini penting mengingat pola ilmiah pokok UMP yaitu ”Pengembangan Wilayah Pesisir dan Daerah Aliran Sungai”, dan merupakan potensi yang sangat besar di Kalimantan Barat yang belum dimanfaatkan secara optimal.   

Pusat Studi Wanita (PS. Wanita)

Pusat Studi Wanita sebagai bagian dari LPPM yang memfokuskan pada bidang kajian pemberdayaan wanita dengan pendekatan kesetaraan gender yang islami.  

Pusat Studi Islam dan Kemuhammadiyahan (PSIK)

PSIK merupakan organisasi yang bertanggungjawab terhadap penyelenggaraan kajian Al-Islam dan Kemuhammadiyahan dalam kaitannya dalam berbagai aspek kehidupan. Selain itu PSIK juga bertugas mengkoordinir pelaksanaan dan pengaktualisasian pendidikan pengajaran Al-Islam dan Kemuhammadiyahan untuk membentuk mahasiswa yang berilmu, beriman dan berakhlak mulia sesuai tutunan Islam yang sebenarnya. PSIK juga melaksanakan tugas mulia lainnya yaitu meningkatkan penghayatan keagamaan di kalangan sivitasakademika UMP.  

Pusat Studi Rekayasa Teknologi (PSRT).

Salah satu bagian dari LPPM yang memfokuskan pada kajian-kajian rekayasa teknologi, khususnya bidang keteknikan mesin.

            Sesuai dengan bidang ilmu yang ada di UMP dan melihat perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi ke depan, maka mulai 2009 LPPM-UMP menambah 3 (tiga) unit kerja yaitu :

Pusat Studi Ekonomi dan Kewirausahaan

Pusat Studi Kesehatan Masyarakat

Pusat Studi Pendidikan